依據疾管署監測資料顯示，國內腸病毒疫情仍處流行期，近四週門、急診就診總人次為13,430、10,938、13,109、13,843，第44週較前ㄧ週略升5.6%，急診就診千分比（5.93）仍高於流行閾值（4.35），社區主要流行病毒株為克沙奇A16型。今年迄今共計5例重症個案，3例感染克沙奇B5型、2例感染克沙奇A16型，其中1例克沙奇B5型及1例克沙奇A16型為死亡個案。

另依疾管署法傳腸病毒重症與社區腸病毒輕症監視資料顯示，今年9月起零星檢出腸病毒71型檢體，主要發生於宜蘭縣。台灣過去曾於2008年及2011至2012年間發生過腸病毒71型的流行，至今已三年沒出現大流行。由於今年4至6月首波腸病毒疫情並無明顯高峰，推測仍有多數孩童不具免疫力，自9月開學後次波疫情持續發生，雖多屬輕症，請民眾仍不能掉以輕心，疾管署亦持續密切監測各型別腸病毒的活動情形。

此外，我國自2007年起透過社區監測曾檢出EV-D68型病例，顯示EV-D68型可能於社區中流行，並推測有一定程度感染人口，加上國人赴歐美地區日益頻繁，將可能提升我國腸病毒流行期間出現EV-D68型零星病例或群聚事件的風險。因此疾管署特別呼籲，民眾應提高警覺，落實良好個人衛生習慣及正確勤洗手，並留意孩童、免疫力不良、具氣喘病史等重症高風險族群的健康狀況，以避免感染。

疾管署提醒，腸病毒容易在人口密集且互動密切的場所傳播，家長及教托育機構應隨時留意嬰幼兒及學童衛生，落實正確勤洗手；若幼兒診斷感染腸病毒時，應避免與其他幼兒接觸，以降低交叉感染的機會，並留意是否出現嗜睡、意識不清、活力不佳、手腳無力、肌抽躍（無故驚嚇或突然間全身肌肉收縮）、持續嘔吐與呼吸急促或心跳加快等重症前兆病徵，以掌握治療契機。